商业贿赂是生长在经济社会肌体上的一颗毒瘤，其危害之大，不容忽视。商业贿赂的危害主要包括以下几个方面：
    破坏了正常、公平的市场交易秩序。商业贿赂从根本上扭曲了公平竞争的规则，使价值规律和竞争规律无法正常发挥作用，损害了其他经营者的合法权益，妨害了市场主体之间公开公平竞争，阻碍了市场机制的正常运转，破坏了市场交易秩序。
　　使国家的税收大量流失。以给予回扣为表现的商业贿赂的存在，使国家应收入的利税，通过不正常渠道变为“成本”、“费用”，流失为小团体或者个人的不法收入，形成国家、集体财产被私人大量侵吞的严重后果。
　　损害了广大消费者的利益。以给予回扣为表现的商业贿赂，直接提高了交易成本，增加了消费者的负担。与此同时，商业贿赂为不法生产经营者大肆制造、销售假冒伪劣商品大开方便之门，使广大消费者深受其害。
　　破坏了市场资源的合理配置。商业贿赂的出现，使交易的天平不公平地向行贿者一边倾斜。这必然阻碍市场机能的正常发挥，从而影响社会资源的合理分配和技术、生产的进步。
　　成为滋生腐败行为和经济犯罪的温床。商业贿赂使一些企业的经理、采购人员、供销人员及政府官员等有机会利用工作之便，损公肥私，中饱私囊，从而使一批干部由此走向腐化并堕入犯罪。
治理商业贿赂面临“立法”和“执法”两大挑战　　从治理商业贿赂的现状来看，目前主要面临着立法上存在的局限和执法中存在的问题两个方面的挑战。
　 　立法上存在局限。尽管我国已初步建立起惩治商业贿赂的立法体系，但仍然存在很大的局限性，一定程度上影响了对商业贿赂的有效治理。这些立法局限主要表现在以下几个方面：一是立法滞后，缺少一部较高立法层级的统一的反商业贿赂法，无法满足惩治商业贿赂的现实需要。二是对商业贿赂的行政制裁力度不够。根据我国法律规定，对商业贿赂的行政罚款最高不超过20万元。这与商业贿赂可能带来的巨额利润相比微不足道，难以达到处罚效果。三是治理商业贿赂的刑事立法不够完善。如对犯罪单位没有设置相应的资格刑，不利于刑罚功能的充分发挥。
　　执法中存在问题。一是执法主体混乱。市场交易过程出现的商业贿赂问题，不仅工商机关有权查处，相关的法律法规同时赋予其他一些行业监管部门执法的权力。这种政出多门、多头执法的混乱状况必然导致不同部门在对查处商业贿赂的标准把握上存在分歧，执法尺度不一，加大了执法成本。二是执法手段单一。对于出现商业贿赂的企业，工商部门只能从其账面上找问题，而且不能把对方的账本带离企业，增加了查找企业涉嫌商业贿赂证据的难度。另外，由于工商部门没有查封、扣留等执法手段，对那些变相以实物相折扣的贿赂行为很难及时取证，导致一些涉案企业轻易地逃避了法律的制裁。三是执法力度不够。一些部门和地方对商业贿赂的危害性认识不足，认为查处商业贿赂会影响企业发展和当地的投资环境，因而对商业贿赂采取睁一只眼闭一只眼的态度，导致商业贿赂在一些地方泛滥蔓延。四是行政执法与刑事司法之间缺乏有效的衔接机制。虽然商业贿赂在我国经济生活中大量存在，行政执法机关也查处了不少商业贿赂案件，但由于缺乏有效的衔接机制，最终被审判定罪的商业贿赂案件不多。五是尚未形成打击商业贿赂的合力。纪检监察机关、检察、公安、工商、审计等部门都有查处商业贿赂的职责，但相互间沟通、联络协调机制尚不完善，难以形成合力和有效监管。